Der Vorgänger des IPMB, wie es heute existiert, wurde 1946 in Karlsruhe gegründet.
1973 wurden die damals noch getrennten Institute per Beschluss des Landtags nach Heidelberg verlegt, um dort im Neuenheimer Feld die Forschungsarbeiten fortzusetzen.
Im Jahre 2002 wurden die Institute für „Pharmazeutisch-Chemie“, „Pharmazeutische Biologie“ und „Pharmazeutische Technologie und Biopharmazie“ zum Institut für Pharmazie und Molekulare Biotechnologie zusammengelegt.
Im Jahre 2023 wechselte das IPMB universitätsintern die zugehörige Fakultät von der Fakultät für Biowissenschaften hin zur neu gegründeten Fakultät für Ingenieurwissenschaften.
