Institut für Pharmazie und Molekulare Biotechnologie Abteilung Bioinformatik
Analyse genomischer Regulation in verschiedenen Krankheiten mit Hilfe bioinformatischer Methoden
Die biomedical genomics Gruppe um Prof. Dr. Herrmann beschäftigt sich mit genomischer Deregulation in Erkrankungen wie verschiedenen Krebs-Arten, psychischen Krankheiten und Infektionen. Dabei kommen verschiedenste bioinformatische und statistische Methoden, sowie machine-learning zum Einsatz. Ein besonderer Fokus liegt auf der Analyse von Epigenetik und single-cell Datensätzen. Des weiteren entwickelt die Gruppe neue Methoden zur Analyse und Integration großer biologischer Datensätze.
Forschungsgebiete
Zu den aktuellen Forschungsgebieten der Abteilung Bioinformatik zählen verschiedenste Themen. Zum Beispiel stellt die Biomedical Genomics Group das R Package „ButchR“ zur Verfügung, welches mithilfe von nicht-negativer Matrix-Faktorisierung Muster in der Genexpression zwischen verschiedenen Zellen und Zuständen erkennt. Auch für die Integration von bulk und single-cell Daten werden Methoden entwickelt und untersucht.
Ein weiterer zentraler Aspekt, welcher mit verschiedensten Methoden beleuchtet wird, ist der Einfluss von epigenetischen Veränderungen auf die Gen-Expression. Hierbei werden große Datensätze analysiert und versucht Vorhersagen zu treffen.
Neuerdings entwickelt die Arbeitsgruppe auch verschieden Machine-Learning Modelle zur Analyse, Integration und Übersetzung von Multi-omics Daten, basierend auf Variational Auto-Encodern.
Hinweise für Bewerber:innen
Die Arbeitsgruppe Bioinformatik ist offen für Bachelor- und Masterarbeiten. Ein Überblick über mögliche Bachelorarbeits-Themen kann auf der externen Webseite der Gruppe gefunden werden. Zudem sind Praktika, zum Beispiel als Teil eines Master-Studiengangs, auf Anfrage möglich, sollte sich ein passendes Thema finden lassen.